2000년부터 정규리그에 참가하여 4월 5일 삼성 라이온스와의 첫 경기에서 3대2로 승리하였으나 그해 성적은 44승 86패 3무 승률 0.338로 매직리그 최하위를 기록하였다. 2003년에는 66승 64패 3무 승률 0.508로 4위에 올라 창단 이래 처음으로 한국시리즈에 진출하였으나, 현대에 3승 4패로 패하여 준우승에 머물렀다. 2007년에는 73승 48패 5무 승률 0.603으로 1위에 올라 한국시리즈에 직행하여 두산 베어스를 4승 2패로 누르고 첫 우승을 차지했다. 2008년에도 83승 43패 승률 0.659로 1위에 올라 한국시리즈에서 두산 베어스를 4승 1패로 누르고 2년 연속 우승을 차지하였다. 2009년에는 2위(80승 47패 6무 승률 0.602)로 플레이오프에 직행하여 두산 베어스를 3승 2패로 꺾고 한국시리즈에 진출하였으나, 기아 타이거즈에 3승 4패로 패하여 준우승에 머물렀다. 2010년에는 1위(84승 47패 2무 승률 0.632)로 한국시리즈에 직행하여 삼성 라이온즈를 4전 전승으로 꺾고 통산 3번째 우승을 차지하였다. 같은 해 열린 한국-대만 클럽 챔피언십에서는 대만팀 슝디 엘리펀츠와 겨루어 1승 1패를 기록하였다.

2011년(71승 59패 3무 승률 0.546)에는 3위로 준플레이오프에 올라 기아 타이거즈를 3승 1패로 누르고 플레이오프에 진출, 플레이오프에서 롯데 자이언츠를 3승 2패로 누르고 한국시리즈에 올랐다가, 한국시리즈에서 삼성에 1승 4패하여 준우승을 차지하였다. 2012년(71승 59패 3무 승률 0.546)에는 2위로 플레이오프에 직행하여 롯데를 꺾고 한국시리즈에 진출하였으나, 삼성에 각각 1승 4패와 2승 4패로 패하여 2년 연속 준우승을 하였다. 2018년에는 정규시즌을 2위로 마쳤고, 한국시리즈에서 두산 베어스에 4승을 거두고 우승을 차지하였다. 2019년에는 88승 55패 1무 승률 0.615를 기록하였으나 한국시리즈 진출에 실패하였고, 2020년에는 9위, 2021년에는 6위로 각각 정규시즌을 마무리 하였다. 2022년에는 정규리그 1위 달성과 함께 한국시리즈 우승을 차지하였다. 2023년에는 정규리그 3위에 올랐다.