또한 신(新)플라톤학파의 초자연적인 신적 세계라는 생각도 받아들였다. 보편논쟁에 관해서는 '중용의 실재론'의 입장을 취하여, 보편은 개개 사물 이전에 존재하며(신적이 성속에) 모든 사물 속에 존재한다(개개 사물의 보편으로서). 모든 사물 뒤에 존재한다(보편을 인지한 인간의 마음에 나타나는 것으로서)고 설명하였다.

그의 입장은 신앙과 이성(은총과 자연의 빛)을 조화시키는 데에 있어 이성에 의해, 신의 존재를 증명할 수 있으며 종교적 진리에 대한 반대를 논박할 수 있다고 하였다. 그리고 철학은 '신학의 시녀'(라틴어 ancilla theologiae)인 한에서 진실한 것이라 보았다. 봉건제 사회의 질서에 조응하여 그는 모든 존재하는 것은 신의 계층적 질서 아래 놓여져 있다고 설명하였다. 토마스 아퀴나스의 철학이 기독교인들로부터 칭송받고 있는 것은 중세시대 몰락의 위기에 처해진 기독교를 철학적으로 완성시켰다는 점이다.

그는 아리스토텔레스 철학의 반복도, 그리스도교화도 아니며, 오히려 아우구스티누스와 안셀무스를 거쳐서 형성된 그리스도교 철학을 독창적으로 발전시킨 것이다. 그는 철저한 경험적 방법과 신학적 사변(思辨)을 양립시켰는데, 이와 같이 독자적인 종합을 가능하게 한 것은 창조(創造)의 가르침에 뿌리박은 존재(存在)의 형이상학이었다.

그는 거의 모든 학문영역에서 비길 데 없는 종합화를 이룩함으로써 중세사상의 완성자가 되었지만, 동시에 그가 신(神) 중심의 입장을 유지하면서도 인간의 상대적(相對的) 자율(自律)을 확립한 일은 곧 신앙과 신학을 배제하는 인간중심적ㆍ세속적인 근대사상을 낳는 운동의 기점이 되었다. 토마스의 사상은 오늘날 신토마스주의로 되어 반공주의(反共主義)로 이용되고 있다.