옛날에 두 남매 헨젤과 그레텔이 가난한 나무꾼 아버지, 마음씨 고약한 새어머니(계모)와 함께 살고 있었다. 너무 가난했던 나머지 네 식구가 먹을 식량이 부족해지자 새어머니는 나무꾼에게 아이들을 깊은 숲속으로 데려가 버리자고 제안한다. 우연히 이를 듣게 된 헨젤과 그레텔은 밤에 몰래 나가 하얀 자갈을 주워오고, 다음 날 계모와 함께 숲으로 들어 가는 길에 이것들을 흘려둔다. 남매는 숲길 중간중간에 흘려둔 자갈을 따라 무사히 집으로 돌아오지만, 계모는 다시 한 번 아이들을 버리기로 계획한다. 계모는 아이들이 자갈을 주우러 가지 못하도록 문을 잠가두고, 아침이 밝자 남매에게 빵 한 조각씩만을 안겨준 채 그들을 다시 숲으로 데려 간다. 이번에도 길을 표시하기 위해 빵 조각을 떼어 길에 뿌려두지만, 산새들이 쪼아먹어 버린 바람에 헨젤과 그레텔은 결국 숲 속에서 길을 잃고 만다. 

허기진 채로 숲 속을 헤매던 중 남매는 과자집을 발견하고, 할머니의 도움을 받게된다. 하지만 그곳에 살던 할머니는 늙은 마녀였다. 마녀는 친절하게 아이들에게 음식과 잘 곳을 제공하며 안심시킨다. 하지만 다음날이 되자 그녀는 속내를 드러내며, 헨젤을 살찌워 잡아먹기 위해 우리 안에 가두고 그레텔을 하녀처럼 부린다. 늙은 마녀는 헨젤이 살이 쪘는지 확인하기 위해 팔을 내밀어 보라고 하지만 헨젤은 우리 안에 있던 뼈다귀를 내밀어 위기를 모면, 마녀는 그레텔부터 잡아먹기로 결심한다. 그녀는 그레텔에게 오븐의 온도가 적당한지 들어가보라고 유인하지만, 그레텔은 꾀를 부려 도리어 마녀를 오븐 안으로 밀어 넣는다. 마녀를 처치한 헨젤과 그레텔은 그곳에 있던 보석들을 가지고 집으로 돌아오는데, 계모는 알 수 없는 이유로 세상을 떠난 후 였다. 아이들을 잃은 슬픔에 휩싸여 있던 아버지는 헨젤과 그레텔을 보고 무척 기뻐하고, 그 후 그들은 오래오래 행복하게 산다.

초판에서는 계모가 아닌 친어머니가 등장하고 남매를 숲에 버리는 것도 친어머니였던 것으로 알려져 있으나, 이후 버전에서는 아이들의 정서를 고려하여 계모로 수정되었다. 그림형제는 이 이야기를 통해 어려운 상황에서도 포기하지 않고 끝까지 헤쳐나가면 좋은 일이 있을 것이라는 희망의 메시지를 전하고 있다.