한편, 개화정책에 따른 제도의 개혁으로 정부기구에는 개화파 관료가 대거 기용되었으며 1881년 일본의 후원으로 신식군대 별기군(別技軍)을 창설하고 이듬해에는 종래의 훈련도감·용호(龍虎)·금위(禁衛)·어영(御營)·총융(摠戎)의 5영(營)을 무위영(武衛營)·장어영(壯禦營)의 2영으로 개편하자 여기에 소속하게 된 구(舊)군영의 군인들은(구식 군인) 자기들보다 월등히 좋은 대우를 받는 신설 별기군을 왜별기(倭別技)라 하여 증오하게 되었다.

구식 군인들에게는 군량이 풍부하였던 대원군 집권 시대와는 달리 13개월 동안 군료(軍料)가 밀려 불만이 고조되었다. 구식 군인들은 민씨정권 이후 빈번하게 일어나는 군료 미지급 사태의 원인이 궁중비용의 남용과 외척의 탐욕에 있다고 생각하였으며 특히 군료의 책임자인 선혜청당상(宣惠廳堂上)·병조판서 민겸호(閔謙鎬)와 경기도관찰사 김보현(金輔鉉)에 대해서는 깊은 원한을 가지고 있었다.

1882년 6월 초 전라도조미(全羅道漕米)가 도착되자 6월 5일 선혜청 도봉소(都捧所)에서는 우선 무위영 소속의 구(舊)훈련도감 군인들에게 1개월분의 급료를 지불하게 되었다. 그러나 선혜청 창고지기의 농간으로 급료에 겨와 모래가 섞였을 뿐 아니라 두량(斗量)도 절반 정도밖에 되지 않아 구식 군인들은 군료의 수령을 거부하고 시비를 따지게 되었다. 그 과정에서 군료의 수령을 거부한 구훈련도감 포수(砲手) 김춘영(金春永)·유복만(柳卜萬)·정의길(鄭義吉)·강명준(姜命俊) 등을 선두로 하여 선혜청 창고지기와 무위영 영관(營官)을 구타하는 사건이 벌어졌다.

6월 9일 김장손과 유춘만을 선두로 한 무위영 군병들은 무위대장 이경하(李景夏)의 집에 가서 민겸호의 불법과 억울한 사정을 호소하였으나 이경하는 군료관할의 권리가 없다는 것을 내세워 민겸호에게 직접 호소하도록 하였다. 민겸호의 집 앞에 이르른 군인들은 집안으로 난입하게 되었으나 민겸호는 찾지 못한 채 가옥을 모두 파괴시키고 폭동을 일으켰다. 사태의 중요성을 생각하여 민씨정권의 보복이 있을 것이라 예상한 김장손과 유춘만 등은 운현궁(雲峴宮)으로 가 대원군에게 진정한 후 진퇴를 결정해주기를 요청하였다.

대원군은 이러한 군민의 소요사태에 대해 무위영 군졸 장순길(張順吉) 등에게 명하여 밀린 군료의 지급을 약속하며 해산하도록 하고, 한편으로는 심복인 허욱(許煜)을 군복으로 변장시켜 군민들을 지휘하게 하였다. 대원군과 연결된 군민들은 좀더 대담하고 조직적인 행동을 개시하여 일대(一隊)는 동별영(東別營)의 무기고를 부수고 무기를 약탈하여 포도청에 난입한 후 김춘영·유복만 등을 구출하고 이어서 의금부(義禁府)를 습격하여 척사론자(斥邪論者)인 백낙관(白樂寬) 등 죄수들을 석방시켰다. 다른 일대는 경기감영을 습격하여 무기를 약탈하고 나머지 일대는 강화유수(江華留守) 민태호(閔台鎬)를 비롯한 척신과 개화파 관료의 집을 습격 파괴하였다.

군민들은 이날 저녁에 일본공사관을 포위 습격하였고, 공사 하나부사 요시모토[花房義質]와 공관원 전원은 스스로 공사관 건물을 불태우고 인천으로 도피하였다. 또 한편의 군민들은 별기군병영 하도감(下都監)을 습격하여 일본인 교관 호리모토 레이조[堀本禮造] 등 일본인 13명을 살해하였다.

6월 10일 군민들은 돈령부영사(敦寧府領事) 흥인군(興寅君) 이최응과 호군(護軍) 민창식(閔昌植)을 살해하고, 창덕궁 돈화문(敦化門)으로 나아가 곧 명성황후를 제거하기 위해 궐내로 난입하였다. 군민들은 궐내 도처에 흩어져 명성황후와 외척들을 수색하던 중 민겸호와 김보현을 발견하여 살해하고 계속 명성황후의 행방을 찾았다.

이러한 위급한 상황에서 궁녀의 옷으로 변장한 명성황후는 무예별감(武藝別監) 홍계훈(洪啓薰)의 도움으로 충주 장호원(長湖院)의 충주목사 민응식(閔應植)의 집으로 피신하였다. 한편 조정에서는 군민들의 난동을 민겸호의 보고에 의해 단순한 군료분쟁으로 생각했으나, 척신들의 집들이 습격·파괴되고 군민이 대거 폭동에 참가하게 되자 무위대장 이경하를 동별영에 보내어 진무시켰으나 실패하였다.

점점 사태가 위급해지자 책임자를 문책한다는 뜻에서 선혜청당상 민겸호, 도봉소당상 심순택(沈舜澤), 무위대장 이경하, 장어대장(壯禦大將) 신정희(申正熙) 등을 파직시키고 무위대장 후임으로 대원군의 장자 이재면(李載冕)을 임명하여 민심을 수습하는 한편 상호군(上護軍) 조영하(趙寧夏)의 제안에 따라 별기군 영병관(領兵官) 윤웅렬(尹雄烈)을 통해 일본공사 앞으로 서한을 보내어 군변사실을 통고하였다.

군민들이 궐내로 진입을 하게 되자 고종은 사태의 수습을 위해 대원군의 입시를 명하였고 이에 따라 대원군은 부대부인(府大夫人) 민씨(閔氏)와 장자 이재면을 대동하고 입궐하였는데 이 때 허욱의 지휘하에 구훈국병(舊訓局兵) 200명이 대원군을 호위하였다. 고종은 대원군에게 사태의 수습을 명하며 정권을 위임하였다. 곧이어 국왕의 자책교지(自責敎旨)가 반포되어 군변의 정당성이 합리화되었고, 대원군은 이를 계기로 군민을 무마하여 사태수습에 나섰다.

임오군란의 상황도

한편 일부 군민들은 명성황후의 처단을 주장하고 해산을 거부했으므로 대원군은 명성황후의 실종을 훙거(薨去)로 단정하고 국상(國喪)을 공포하였다. 이에 민씨 일파는 큰 타격을 받았으나 곧 청의 톈진[天津]에 주재하고 있던 영선사(領選使) 김윤식(金允植) 등에게 통지하여 청나라의 원조를 청하였다. 김윤식 등은 대원군이 군란의 배후라 단정하고 청에 원조를 요청하였고, 청은 김윤식의 의견에 따라 일본에 대항하기 위해 군대를 파견할 필요성을 느끼고 오장경(吳長慶) 등에게 3,000여 명의 군대를 주어 조선으로 보냈다.

한편 명성황후의 국상을 강제 진행함에 따라 대원군의 정치적 입지가 약화되었으며, 청은 종주국(宗主國)으로서 속방(屬邦)을 보호해야 한다는 명분에 따라 일본에 빼앗겼던 조선에 대한 종주권을 회복하려 하였다. 이에 청은 한양 요소에 군사를 배치한 후 조선의 내정에 간섭하며 군영(軍營)을 찾아온 대원군을 납치하여 톈진으로 호송함으로써 대원군은 정권에서 다시 실각하였다.

대원군이 실각하자 고종은 다시 문호개방 및 근대화 정책을 추진하였고, 1882년 조청상민수륙무역장정(朝淸商民水陸貿易章程)의 체결을 승인하였다.

한편 일본에 도착한 하나부사공사가 군변의 사실을 일본에 보고하자 일본은 곧 군함 4척과 보병 1개 대대를 조선에 파견하였으나 청의 신속한 군사행동에 대항하지 못했고 대원군이 청나라에 의해 제거되었기 때문에 조선측에 대한 강경한 태도로 책임을 물어 제물포조약(濟物浦條約)을 체결하게 되었다.