왕립 약용 식물원(Jardin royal des plantes médicinales)에 그 기원을 두고 있다. 1793년 혁명 위원회(Revolutionary Convention)의 결정에 따라 식물원에서 독립해 국립 자연사 박물관(Musée National d'Histoire Naturelle)이란 명칭으로 새롭게 창설되었다. 19세기 동안 과학 연구 발달에 큰 기여를 했다고 평가받는다. 주제에 따라 분류된 별도의 전시관들에서는 연중 일반인들을 위한 자연사와 관련된 다양한 전시회가 열리고 있다. 적도에서 극지방까지 그리고 선사시대부터 현재까지 생존하고 있거나 혹은 멸종된 생물들의 화석 및 표본을 광범위하게 소유하고 있다. 뿐만 아니라 오늘날에도 프랑스 내외의 저명한 학자들을 중심으로 동·식물학, 지질학, 인류학 등과 관련된 주요 연구들이 활발히 수행되고 있다.